Организация, которая заключила с физическим лицом  гражданско-правовой договор, предметом которого является выполнение работ (оказание услуг), признается налоговым агентом по НДФЛ, разъяснено письмом Минфина от 06.08.12 № 03-04-06/8-220. Если договор заключен по месту нахождения филиала организации, то НДФЛ перечисляется в бюджет по месту нахождения данного филиала.